政府工程，总造价控制死了，工程量不能按约定完成怎么办？

    小弟之前在建筑公司上班，想稳定一点，现刚考入一机关事业单位，岗位在一乡镇，主要负责管理镇上的基础建设这一块（事情很杂）。目前镇上有个约400万的项目，施工单位活只干到一大半就说没有钱了，意思就是合同约定的总造价400万干完了，钱不够了。说是材料涨价、二次转运费用太高等等原因，但是还有很多合同约定内容未完成啊（我心里很是纳闷）。找领导说这事儿（施工单位老板和领导关系很好），领导一会说向上面打报告，请审计提前进入，如果审计说完成的工程值400万就值400万，一会又说向上面打报告说明实际情况，申请减少一些作业内容。唉，之前我真没想到政府工程如此的烧脑细胞，赚补了钱投标干嘛，质量更不说了（干成这样子就没钱了，哪还说质量）报告的草稿写几次了，这烂事太让人不省心！（纳税人的钱啊，咋使成了这样，个人深感惭愧）。

      领导的原则是总价400万不能突破，没得一份追加资金，审计结果能证明完成的部分值400就行。因为我们一乡镇没有专业的造价人员，即使有别人也不认为有权威，没办法考究施工单位到底花了多少钱，完成的东西到底值多少钱，完全没底（专事专人做的重要性）。假设按照合同完成多少付多少款这就简单（我开始就是这样想的），可现在不是。项目前期工作（初步设计、预算编制、设计、招标等等）基本上都是请第三方做的。

    前辈些，你们有遇到这样的事情没有？该采取什么样的程序、方式来处理为好？小弟先谢谢各位前辈！