关于合同解释顺序的疑惑(已修改)

在通用条款中有以下规定
1、施工合同协议书
2、中标通知书
3、投标书及附件
4、施工合同专用条款
5、施工合同通用条款
6、标准、规范及有关技术文件
7、图纸
8、工程量清单
9、工程报价单或预算书
现在遇到一个工程，国债投资了一部分，私人投资了一部分，钱由私人来管的，在其签订的合同中，合同解释顺序变成了
1、洽商记录及书面信函
2、本合同协议书
3、、投标书及附件
4、施工合同专用条款
5、施工合同通用条款
6、标准、规范及有关技术文件
7、图纸
8、工程量清单
9、工程报价单或预算书
结算的时候推翻了所有投标的东西，包括合同，原来是总价包干加变更，现在全部重新算的，原来是定额计价，现在变成了清单计价，单价比原来增加很多，这种做法是不是合理的，感觉有诈取国家贷款的嫌疑，但是又没有证据，现在很疑惑，有没有高手解释一下，热盼～～～～～