讨论GPS点及全站仪检查的差异

情况介绍
我们单位在青海格尔木的项目，前段时间去做的厂区 GPS 控制， E 级， 3 台接收机边连接扩展图形。
联测甲方的项目控制点 3 个， 3 个点能够包围厂区，厂区做了 9 个点，共 12 个。
当地是 6 度带中央子午线 93 度，当地中央子午线是 95 度。
现场控制点的距离都不大，在 300 米 左右，外业采用中海达的 8200E 单频接收机施测，规范选用 GPS 规范 2009 版，解算软件使用 HDS2003 最新版
解算的时候，基线全部合格，但是检查 1 个同步环闭合差超限，在 3 毫米 左右，因为基线短，规范要求在 2 毫米 ，返回来怎么处理基线（设置采样间隔截止角删除不好卫星等能用的手段）仍然超限，没有重测，就调整到闭合差稍降了些
这也说明了新版 GPS 规范在精度要求上较老规范要高，中误差的计算公式里的比例系数及固定误差均按照仪器标称值计算
下面，进行网平差，最终结果，平面精度均在 5 个毫米以内
说实在的，格尔木，盐湖城，海拔较高，在 2700 米 左右，但是场地很平，高差很小，遮挡也较少，卫星情况还是比较好的，基线残差图显示精度较好
问题
施工单位用新买的南方全站仪检查，其中顾及到了格尔木当地的气象改正（温度气压）和折光系数，平面坐标差别在厘米级，低于 2 个厘米也满足规范要求，但是有的点超过了 2 个厘米
很是奇怪，解算结果应该在 1 个厘米以内，全站仪检查却超过 2 个厘米
内业重新检查并解算，天线高等外业资料无误，内业时变换中央子午线 93 或 95 度，固定不同的已知点，选择固定 3 个已知点或者任意 2 个已知点，解算结果相差都在毫米级，均不超过半个厘米
想与大家讨论的是为什么用全站仪检查会有这么大的出入呢？是解算的时候有什么没有考虑到的地方吗？
期盼高手参与讨论，解决心中的困惑