跨年度结算怎么做？

该工程27万平米，从04年施工一直到07年竣工，历时三年有余，该工程与甲方未做年度结算，现在要与甲方结算，出现的问题是每年的材料价格都不一样，有的甚至差别很大，还有好几个单体，那么与甲方该怎么结算？材料价格该怎么定？