要在认真学习、深入理解上级有关文件精神的基础上，建立符合本校管理特色的建设项目全过程跟踪审计制度，对有关全过程审计内容、审计程序、审计要求等作出明确的规定。并通过向领导层汇报、与工程管理部门沟通、部门宣传等适当形式加大对全过程跟踪审计的宣传，争取得到相关方的理解、配合与支持，尤其工程管理部门要主动适应审计新要求、积极转变思想观念。
由于工程项目建设是一个有多方参与的综合性活动，工作期限长、投入规模大，全过程跟踪审计只有得到各参与方的积极配合、主动接受，才能形成工作合力，项目建设才能顺利进行。在全过程跟踪审计的准备阶段，一定要明确参与方（主要包括内审机构、造价咨询机构、施工单位、监理单位、建设部门）各自的工作职责，以及在全过程跟踪审计中需要履行的义务、配合事项、工作要求等等，尤其是要正确处理好审计部门与工程管理、监理部门的关系和职责，做到履行职责中各负其责。
高校在前期调研、招标过程中一定要严格把关、选好队伍，并制定规范、全面的审计方案，规范工作流程，明确工作要求和标准，为开展全过程跟踪审计业务奠定基础。同时，高校内审机构也要加强对聘用审计人员的严格管理和纪律要求，加强过程管控，严禁审计人员与施工单位人员直接接触，确保审计结论的客观、公正。
可行性研究是建设工程投资前期工作的核心和重点，也是项目决策的重要依据。这一环节的审计要点包括：项目建议书的内容是否实事求是，客观真实;对拟建项目的分析、调研是否全面准确，经济上是否可行，资金来源是否可靠，环保是否符合要求;有关专家的意见是否客观、真实，不同意见是否得到重视;项目论证是否有多方案的比较和对比，拟定方案是否科学、最优。
这一阶段的审计要点：项目选址及建设规模是否科学，是否符合单位财力;设计方案中有关项目的经济效益、环境效益及社会效益是否客观、合理;施工图的设计是否满足施工需要，是否能够确保项目落地生根;有关方案、设计费用的计算是否合规合理等。
一是加强对工程量清单的审查与核对，重点审查清单内容有无缺项、漏项、重复计量以及不合理计量的情况;；
二是审查工程最高限价的计算是否合理，有关定额套用、材料价、规费的计取等是否规范、准确;
三是对工程招标文件进行审核，重点审查招标文件的招标范围、投标资质、评标办法以及招标程序等是否合理、合规，有无“倾向性、特定性”等不公平条款;；
一是对合同的合法性审核，确保合同的内容、文本格式与现行的有关法律法规、政策和招标文件相符，主要合同条款是否与招标文件、现场澄清文件、中标价格、工期、质保期及其他服务承诺一致。
二是对合同的合理性审核，包括合同有关条款的描述和意思表达是否清楚、准确，是否会产生歧义，工程价款的金额是否准确，有关工程费用的支付、结算等是否符合现行的基建财务制度、工程计价规则等规定，有关合同审批手续是否完善。
三是对合同完整性的审核，主要审查合同约束条款是否完善，有无遗漏，有关合同附件、附表是否齐全，对补充事项的约定是否完整、满足要求，对争议事项的处理是否有明确的约定;四是对合同专业性的审核，主要审核涉及合同变更的条款是否完整、具体、符合工程计价规范，如合同外增加的材料单价如何确定，材料价格发生变化后如何处理，有关误工索赔、工期索赔是否有明确约定等等。
主要审查项目单位是否建立健全了相关的内控制度，有无规范的管理流程和审批程序，关键岗位及人员设置是否到位，有关管理制度是否齐全，如设备采购、工程签证、物资验收、工程例会以及人员考勤、管理、奖惩、门禁等。
实施阶段是通过各方努力，将设计方案、施工图纸进行最终“落地”“变现”的重要过程，是“建设成本支出”和“费用控制”的主要阶段，在整个过程中，施工影响因素多、变数大，需要审计人员常驻施工区域，深入施工现场，全面掌握施工动态，主动参与到项目实施协调，加强工程细节控制，开展动态审计，及时给出审计意见，实现对工程造价的有效控制。
审计人员要重点审查施工工序是否严格按照设计图纸、规范及标准实施;有关隐蔽工程的签证内容是否属实（包括主要材料的型号、规格、品牌等）、语言描述是否准确、工程量计量是否正确，签字和盖章是否完善等;对于结算审计时容易产生分歧的隐蔽工程，如土方工程、桩基工程、路基工程等，应重点跟踪。
一是对签证合法性审核，审计人员通过对图纸、合同进行核查，确定变更签证内容确实不属于合同内工作范畴、不与其他已有变更内容重复、不属于因施工单位自身原因造成的变更;二是真实性的审核，主要审核有关签证工程量、签证材料价格是否符合实际，针对“先签字后变更”的签证事项，要审核施工单位是否按签证内容进行了后施工;三是对签证合理性的审核，主要审核涉及造价变化的签证，施工单位是否按程序经建设单位、监理单位审核后，最后送审计部门，有关变更的审批手续是否齐全。
一是对合同外新增材料或变更签证材料的价格进行审核，重点加强对工程使用量大或对工程造价影响大的材料的价格审核;二是加强对主要材料和设备进场验收程序和标准的审核，尤其是已明确厂家、品牌、规格、单价的材料或设备，进场前是否经现场管理人员、监理人员共同确认和验收，质量是否符合要求;三是对列入暂定价范围的材料或设备的采购过程进行审核，通过市场询价等方式确保有关材料或设备的价格真实、可靠。
一是工程进度款的计量计价方式及支付办法是否严格按合同约定执行，当期支付、累计支付金额是否与工程实际进度相符;二是工程预付款、代付水电气费、其他应扣代缴款等是否按约定进行了全额扣除，是否存在重复申报或将学校直接采购的材料、设备虚报的现象;三是工程进度款支付是否符合规定程序和要求，建设单位、监理单位审核签字是否齐全，有关意见表达是否准确、清楚。
一是对已经发生的索赔事项，要及时做好记录，收集证据，力争将索赔损失降至最低;二是对因承包人的过错而引起的质量缺陷、工期延误、费用增加和造成损失的，应及时搜集证据，提出反索赔;三是对可能引起索赔的事项进行重点跟踪，及时提供相关咨询建议，以力求避免索赔事件的发生。
主要包括：是否按规定程序和要求组织验收，有关手续是否齐全;是否按要求开展各项专业验收，包括消防验收、环评验收等等;合同履行是否全面、真实，有无违约行为等。
①竣工结算的内容是否真实、完整、合法，是否与合同清单一致。
②竣工结算的数量是否真实、准确，有关材料价格、取费标准、执行的计价文件、选用的定额版本是否合理、合规。
③变更签证内容是否真实，有关项目增减、工程量计算、单价、取费标准是否准确，是否存在重复计费情况。
④施工单位是否在规定（或合同约定）的时间内提供完整的工程竣工结算资料，发生迟报、漏报、补报事项的，有关审批手续是否完善。
①决算报表反映的数据和情况是否真实、准确、全面，有关数据是否与工程结算审计、设备采购合同、服务合同等相关金额一致。
②有关固定资产或项目质量是否合格，是否达到合同规定的验收标准，是否满足使用需求并按规定办理了资产移交，有关验收及移交手续是否齐全。
③有关账务核算是否规范、准确、全面，建设资金是否专账核算、专款专用，有无挤占挪用、超进度付款、超比例支付等违规情况
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