算高层时，不同软件算的核心筒的自振周期有较大的差异

我现在正在做一个框架核心筒的高层，用的是ETABS和PKPM-PMSAP做的对比分析，发现算的周期老是对不上，我单算了剪力墙，发现之间有自振周期有10%以上的差异，再试算简单的模型还是如此，大家注意到这个问题了吗？该如何解决呢？
一个简单的剪力墙模型，平面6X12m，40m高，开2X2m的洞，荷载D：2，L：4 按2米划分，楼板采用刚性楼板假定。
计算结果，ETABS：
振型1=0.43161；
振型2=0.28166；
振型3=0.11633
PMSAP计算结果：
周期 1 及振型方向角: 0.487 90.0
周期 2 及振型方向角: 0.325 0.0
周期 3 及振型方向角: 0.184 90.0
第一周期相差了：13%，第二及第三周期相差更多，这是什么原因造成的呢？合理吗？