请教工程有施工问题，甲方拒不处理，设计如何免责？

今有一项目，1＋16层，采用预应力直径500大管桩基础。在施工过程中，发现一管桩桩头以下200多mm混凝土破粹，肉眼可见清晰明了。（说明：验桩时因为该部分埋入土中，未发现，是开挖承台后发现的）作为设计，要求处理。但是甲方拒不处理，并且继续施工做防水，绑扎地下室底板钢筋及承台钢筋。在此期间，设计再次到现场查看发现未处理，要求处理。甲方当时同意下来处理，于是设计等待。结果甲方未处理，就把承台混凝土浇铸，将该桩完全封闭，摆明了就是拒不处理。
我个人认为该桩有重大质量问题，破碎桩已经伸入到承台以下，完全不具备200t的承载力。但现在混凝土已经浇铸了，承台与地下室底板连为整体，非常不好处理了。
请教哈大家：此种情况下，作为设计，无法认可此工程了。但设计无法阻止甲方继续施工，设计该咋个办手续，才能免除在此工程中的责任？以后拒绝签所有字是肯定的了，但是光是这样够吗？甲方如果继续施工，仍然会照原设计图施工啊。设计是否需要到建设厅备案，陈述事实，要求停止施工？建设厅有针对这种情况的接待吗？
各位同行，请问有遇到这样的情况吗？请多多指导啊。在此，诚挚的感谢大家了！也愿所有的参建方都重视工程质量，重视人民生命财产安全。在此敬告甲方：即使是私人投资，也是社会的财富。