如此扣税金合理吗？

我们水利工程都是含税金价格，如此扣税，请问合理吗？
假如一个工程含税总价500万元，根据预算税金应为500÷（1+3.46%）*3.46%=16.72万元，但实际扣税为500*3.46%=17.3万元，多扣0.58万元。
我所说的前提都是含税金的，不包括总价包干项目