请各位大虾指点迷津，案列分析~~~

我项目部与甲方签订了XX渠道工程施工合同，整个水渠分为明渠和暗涵，明渠长400m，暗涵长300m。明渠原设计底宽5m，边坡1：1.25。双孔圆拱暗涵原设计单孔底宽7m，高11m。合同工期为2007年11月~2008年5月。我部按时进场施工，正进行整个渠道基础开挖时，业主于2007年11月中旬发布指令，渠道设计变更，正式变更图纸于12月中旬下发，将渠道明渠底宽改为7m，双孔圆拱暗涵单孔底宽改为9m，高11m。变更前，我部明渠按原设计开挖了120m，暗涵围堰已按原设计暗涵尺寸填筑完毕，且暗涵已按原设计图纸将覆盖层开挖完毕。由于设计方案迟迟未定，与业主、监理协商，将开挖好的明渠左岸按原设计图纸进行砼浇筑（右岸加宽），右岸暂不施工。350m暗涵围堰往外移4m，暗涵继续开挖。由于设计变更，合同工期不能完工，2008年1月底暗涵基础开挖完毕，按原施工方案进行砼浇筑，进度较慢。直至3月初为安全度汛，业主要求赶工，且必须在4月底5月初完工(当时暗涵才将底板浇筑完),随即我部组织实施赶工措施，加大人力物力，一次性投入架管模板等周转材料，将300m暗涵同步施工，经备战，至五月初将暗涵完成，保证了安全度汛要求。2008年7月该项目遭受了百年一遇的特大洪水，以致施工区机械、库房、材料（其中包括租的一次性的周转材料）及暗涵内未来得及撤出的架管模板被这场洪水冲走，损失惨重！洪水后明渠、暗涵被淤积，明渠暂不能施工，待水退清淤完毕已至2008年11月，期间除清淤外，主体工程停工4个月。现正赶工，预计2009年5月完工。
在这个施工案列中涉及几个索赔，请各位大师指点，帮忙分析一下，该从何入手挽回一定的损失。先谢谢各位~~~~~~~