富营养化水体中含有的氮、磷等可供藻类利用的营养物质较多，而氮、磷等营养物质来源较为复杂，既有内源又有外源，既有点源又有非点源。对国内外不同区域水体的考察表明：不论营养物质来源于何处，水体富营养化的形成是受多种因素影响的，这其中既有自然因素的作用，也有人为因素的作用。

不同地形集水区和不同肥力土壤输出的氮、磷量不同，水土流失提高了水体中营养物质的量。而且，营养物质从土壤中流失量与施肥量有密切的关系。为提高农产品的产量，人们常施用较多的氮肥和磷肥, 它们极易在降雨或灌溉时发生流失。氮磷营养物可随地表径流进入地面水体中或下渗，通过土壤进行横向运动，然后排入地表水体中, 这是导致地表水富营养化的主要原因。

在一些畜牧业发达的地区，畜牧排泄会产生大量营养物质进入土壤；圈养家禽、家畜也会产生大量富含营养物和细菌的排泄物。这些排泄物极易随地表径流、亚表面流流入江河、湖泊而污染水体。

近些年，由于工业的不断发展和人们生活水平的提高，工业废水和生活污水的大量排放成为主要的营养物质来源之一。如一些含磷的洗涤剂的应用，食品厂、化工厂、毛皮工业等都会带来大量的营养物质。

城镇路面大部分是不透水地面，由人类生活垃圾、生活污水及某些工业废水所携带的氮磷营养物易随地表径流进入地表水中。美国环保局把城市地表径流列为导致全美河流和湖泊污染的第三大污染源。在磷矿区，人类活动破坏了原来的土壤结构和植被面貌，使土壤表层裸露，在降雨条件下，散落在矿区的矿渣、泥沙、磷酸盐等污染物随地表径流进入湖泊、水库、江河、海湾，从而导致水体污染。

大气沉降不仅是悬浮颗粒物、有害气体的来源之一，也是氮的来源之一。燃料燃烧时，氮元素以氮氧化物的形式进入空气，随雨雪降落在土壤或水体表面，污染地表水源。随着大气污染日益严重，大气沉降也成为重要的水域富营养化原因之一。

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水体富营养化治理已成为当今世界性难题。20世纪60年代以来各国先后对其进行了大量研究，并提出了相应的对策、措施，归纳起来主要包括：

（1）改善大环境减少输入水体的外源性污染物；

（2）转移污水排放和稀释扩散；

（3）调控清洁水冲洗；

（4）挖泥等水利工程措施；

（5）化学措施；

（6）生物措施；

（7）局部人工生态系统工程等。

水体富营养化防治以前乃至目前仍以“Vollenweider”方法，即单纯从控制外源污染、减少外源养分负荷为主。20世纪80年代以来，人们在治理水体富营养化时发现，当显著减少外源养分负荷以后，水质并未得到明显改善，水体中N、P浓度特别是P浓度并未降低，原因在于沉积物已成为水体N、P的重要来源，即所谓“内源负荷”生态恢复成为水环境治理的最佳途径。在有效地控制外源污染的同时，通过调控水生生态系统结构，恢复自然、健康和稳定的水生生态系统功能，增强对外界干扰的缓冲能力，使水生生态系统处于良性和可持续循环当中。因此，系统内部调控尤其是提高水体自身的生物净化作用才是解决水体富营养化的长久之计。