EDI超纯水设备正常运行影响较大的污染物包括硬度(钙、镁)、有机物、固体悬浮物、变价金属离子(铁、锰)、氧化剂(氯，臭氧)和二氧化碳(CO2)以及细菌。EDI系统在设计时应注意在预处理过程将这些污染物除掉，这样可以有效提高EDI系统的性能。
离子交换树脂和离子交换膜会被氯和臭氧会氧化，减低EDI系统性能。并且氧化还会明显增加TOC的含量，造成离子交换树脂和膜被污染，使离子迁移速度减缓。此外，树脂因为氧化作用会产生破裂,使系统压力损失将增加;导致铁和其它的变价金属离子催化树脂氧化起，永久地降低树脂和膜的性能。
除了上述污染物外，树脂和膜的表面附着有机物而导致其被污染，使得膜和树脂因为被污染而影响迁移离子的效率降低，膜堆电阻将增加，也是影响edi超纯水处理设备性能的因素之一。
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