膜分离技术可以用于氨基酸废水的处理，如赖氨酸等。传统赖氨酸生产工艺的工业用水和相应产生的废水主要包括发酵用水、上柱稀释用水、后续水洗用水、解析后水洗用水等，相应产生的废水包括吸附废液(高浓度和中浓度两种)、各种水洗废水等，尽管部分水洗水可以循环套用，但是由于没有除菌，必须加入大量水进行稀释后，才能上树脂，且树脂吸附当量低，进料流速低，而为满足生产需要，树脂用量很大，生产效率较低，收率较低，同时产生的吸附废液量大;此外，吸附后需水洗量很大，水洗废水量和随水洗的产品损失也大;随着树脂污染程度的加重，收率不断下降，从而影响整个提取工艺和产品收率。
利用无机微滤膜与连续离子交换系统，极大地优化了赖氨酸发酵液提取工艺，使耗水量降低了30%~40%，废水排放量减少60%。排放后的废水，经过废水处理工艺流程，可以使大部分水回用，而膜浓缩物可以作为液肥使用。
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膜分离技术如何应用在饮料水处理中饮料业中的水处理。饮料的主要成分是水，水的质量决定了饮料的质量，水处理设备与最终水质有密切关系。只用传统的沙滤棒或硅藻土过滤手段，不可能达到精细的过滤等级和绝对地去除微生物。而应用膜分离手段则可能达到极好的分离效果。 在膜分离技术发达国家，饮料生产领域95%以上采用微孔滤膜为分离途径之一，在我国，微滤、超滤技术在饮料生产中都已得到较广泛应用。在饮料行业中要达到净化、澄清的目的，用0.45µm的微孔膜过滤元件进行流程过滤即可满足要求。由于微孔膜过滤后除去的是饮料中的杂质、悬浮物及生物菌体等，而水中的微量元素和营养物质却毫无损失，所以特别适用于某些需保持特殊成分或风味的饮料的净化过滤，如天然饮用矿泉水。
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